教育部于2006年12月22日公布了第二批国家级实验教学示范中心名单，第二批实验教学示范中心共59个，覆盖了物理、化学、生物、电子、力学、机械、计算机、医学、经济管理、传媒、综合型工程训练中心共11个学科。其中西南地区高校有6个，分别是：重庆大学机械基础实验教学中心，四川大学生物科学实验教学中心，西南交通大学力学实验中心，西南交通大学机械基础实验教学中心，云南大学生命科学实验教学中心，昆明理工大学工程训练中心。
教育部于2006年10月19日公布2006年度信息科学领域教育部重点实验室评估结果。全国高校17个实验室参加评估，4个实验室评为优秀类实验室；11个实验室评为良好类实验室。西南地区高校中有2个实验室被评为良好类实验室：光电技术及系统教育部重点实验室（重庆大学），宽带光纤传输与通信系统技术教育部重点实验室（电子科技大学）。
电子科技大学于2007年3月5日与金川集团机械制造公司签订协议，联合共建“电子科大－金川集团矿冶设备智能化联合实验室”，双方将以联合实验室为依托，探索校企合作新模式。金川集团是我国采、选、冶、化配套的大型有色冶金、化工联合企业，其镍和铂族金属产量占全国产量的90％以上，被誉为“中国镍都”。2006年金川集团营业收入353亿元，利税72亿元。
由教育部学位与研究生教育发展中心组织的高等学校第二轮第一批一级学科评估中，有35个单位参评“电子科学与技术”一级学科，清华大学以总分95分名列第一，电子科技大学以总分93分排名第二。